Service portfolio

Wir bieten unseren Kunden ein breites Spektrum an qualitätszertifizierten Dienstleistungen im Rahmen der Next-Generation-Sequencing (NGS)-Technologie, der bioinformatischen Datenanalyse, dem Management von hochdimensionalen Daten sowie in der Bearbeitung von Groß- und Forschungsprojekten an. Unser kompetentes Team verfügt über eine langjährige Erfahrung auf dem Gebiet des Next-Generation-Sequencings, wodurch wir gezielt auf die individuellen Bedürfnisse unserer Kunden eingehen können.

Zertifizierte NGS-Dienstleistungen

Der gesamte Prozess der Sequenzierung unterliegt strikten Qualitätsstandards. Dank unserer sicheren IT-Infrastruktur sowie unserem zertifizierten Labor (ISO9001, Illumina CSPro und Agilent Service Provider) können wir unseren Kunden höchste Daten- und Servicequalität in den Bereichen Next-Generation-Sequenzierung, Datenanalyse sowie Datenmanagement anbieten.

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NGS Dienstleistungen:

  • Genomsequenzierung (WGS)
  • Genomsequenzierung mit geringer Abdeckung für Kopienzahländerungen
  • Exomsequenzierung (WES)
  • Targeted sequencing
  • Transkriptomsequenzierung (mRNA und ribo-depleted)
  • Small RNA-/microRNA-Sequenzierung
  • ChIP-Seq (Chromatin Immuno Precipitation DNA-Sequencing)
  • MeDIP-Seq (Methylated DNA Immuno Precipitation Sequencing)
  • Immunrepertoiresequenzierung

Unser Fokus liegt auf der tiefgehenden Transkriptomanalyse

Wir bringen unsere Expertise in eine Reihe von nationalen und internationalen Forschungsprojekten mit ein, wobei der Fokus auf der Entwicklung neuer Technologien liegt. So haben Mitarbeiter von Alacris Theranostics ein strang-spezifisches RNAseq-Protokoll entwickelt (Parkhomchuk et al. 2009, Sultan et al. 2012), das nun von führenden Firmen auf dem NGS-Markt verwendet wird. Zudem haben wir als erste den Vorteil des RNAseq gegenüber MicroArrays untersucht (Sultan et al. 2008). Wir wissen, worauf es ankommt.

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Die tiefgehende Transkriptomanalyse liefert die notwendigen Daten zur:

  • Identifikation von Genfusionen
  • Quantitativen Genexpressionsanalyse
  • Validierung von Varianten, die in der DNA durch WGS/WES identifiziert wurden
  • allelspezifischen Genexpressionsanalyse
  • Detektion langer nicht-kodierender RNAs
  • Identifikation differentiell gesplicter Transkriptisoformen
  • Identifikation neuer Transkripte
  • Analyse von eRNAs
  • Analyse von eQTLs
  • Identifikation von spezifischen Gensignaturen und Biomarkern

Unser NGS-Workflow

Wir bei Alacris Theranostics sind flexibel. Angefangen bei der Projektplanung bis hin zur Datenanalyse realisieren wir für unsere Kunden alle Schritte des NGS-Workflows. Durch die hohe Kompetenz der Mitarbeiter können wir unser Angebot spezifisch an die Anforderungen unserer Kunden anpassen.

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Projektplanung:

  • Hilfe beim Design von Experimenten
  • Beratung bei Auswahl der bestmöglichen Sequenzierstrategie

Probenprozessierung:

  • DNA-/RNA-Isolierung aus verschiedenen biologischen Materialien (z.B. Blut, Zellkulturen, frisches oder gefrorenes Gewebe, FFPE, etc.)
  • DNA- und RNA-Quantifizierung und Qualitätskontrolle

Herstellung der Sequenzierbibliotheken und Sequenzierung:

  • Herstellung von Standard- und projektspezifischen Bibliotheken
  • Protokolle mit integrierten Schritten zur Qualitätskontrolle (BioAnalyzer, Qubit)
  • Qualitätskontrolle von Bibliotheken
  • Sequenzierung auf dem Illumina HiSeq 2500

 

Datenanlyse:

  • Standardisierte und kundenspezifische bioinformatische Datenanalyse (z.B. CNV-Analyse, Detektieren von Varianten, Erstellung von Genexpressionsprofilen, Biomarker-Identifizierung etc.)
  • Erweiterte bioinformatische Datenanalyse
  • Unterstützung bei bioinformatischen Fragestellungen
  • Unabhängige Datenauswertung

Schicken Sie uns gerne Ihre Fragen zu unserem NGS-Service oder Fragen zu spezifischen Projekten unter info@alacris.de. Unsere Mitarbeiter werden Sie kontaktieren.

NGSight & Oncovar: Integrative Genom-/Transkriptomanalyse

Alacris Theranostics hat eine der umfassendsten NGS-Analysepipelines auf dem derzeitigen Markt.

NGSightTM: Unsere hocheffiziente Analysepipeline ist flexibel anwendbar auf eine Vielzahl von unterschiedlichen Projekten. Die Verwendung verschiedener Mapping-Algorithmen, einer projektspezifischen Datenprozessierung, einer zielgerichteten Filterung der Ergebnisse und einer passenden Datenintegration machen NGSightTM zu einem leistungsstarken und flexiblen Analysesystem für alle NGS-Anwendungen.

OncovarTM ist eine spezielle NGSightTM – Analysepipeline, die für die Krebsanalyse perfektioniert wurde. OncovarTM wurde durch unsere Wissenschaftler bei Alacris Theranostics im Rahmen von Forschungsprojekten kontinuierlich weiterentwickelt und ist in der Lage, behandlungsrelevante Informationen in der Krebstherapie zu extrahieren, um so den Arzt im klinischen Prozess zu unterstützen.

CMTA – Comprehensive Molecular Tumor Analysis

Ein einzigartiger, personalisierter Ansatz für Krebspatienten

Krebs ist eine komplexe und heterogene Krankheit. Jeder Tumor ist verschieden und benötigt eine individuelle molekulare Analyse, um diese Komplexität zu erfassen. Wir bieten eine integrative, umfassende Analyse des Genoms und Transkriptoms eines Tumors, die den höchsten qualitativen Ansprüchen genügt. Die CMTA ist derzeit eines der weltweit komplettesten Produkte der onkologischen Präzisionsmedizin.

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Eine der größten Stärken der CMTA ist die Einbeziehung von quantitativer Transkriptomanalyse, um Qualität und Wert der durchgeführten molekularen Untersuchung zu maximieren.

Anhand unserer einzigartigen Analysesoftware OncovarTM, die speziell für die NGS-basierte molekulare Onkologie entwickelt wurde, liefert die CMTA einen personalisierten Ansatz in der Behandlung von Krebspatienten. Dabei liefern wir eine vollannotierte Analyse des Tumors und Genoms eines Patienten, das weit über gängige Standardverfahren hinausgeht.

Biomarkeridentifikation

Alacris hat Methoden etabliert und weiterentwickelt, die die Identifikation komplexer (omics-getriebener) Biomarker ermöglichen und zur Anwendung bringen: (i) Die Auswahl von Patienten oder Biomarkern zur Stratifizierung von klinischen Studien/Versuchen und (ii) Biomarkeridentifikation als therapiebegleitende Diagnostik für die personalisierte Onkologie.

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Dabei bedienen wir uns einer Fülle von Verfahren aus der Statistik und dem maschinellen Lernen, um prädiktive und prognostische Biomarker zu finden. Die Methoden reichen von statistischen Tests (z.B. Mann-Whitney-U-test) zu anspruchsvolleren Verfahren (z.B. logistic regression, support vector machines, random forests). Unsere Biomarkerexpertise konnte erfolgreich im IMI Projekt Oncotrack angewendet werden und führte zur Identifikation neuer prädiktiver Gensignaturen von Cetuximab und 5-FU, die im kolorektalen Karzinom zum Einsatz kommen (Schütte et al. 2017).

Im Rahmen von klinischen Studien können diejenigen Patienten anhand von Biomarkern identifiziert werden, die am wahrscheinlichsten auf eine bestimmte Medikamentenbehandlung ansprechen würden. Dies ermöglicht das Design kleinerer und kostengünstigerer klinischer Studien.

ModCell

Unsere eigenentwickelte ModCellTM -Technology ist eine neue, revolutionäre Modellierungssoftware der Systemmedizin zur Optimierung der prädiktiven Präzisionsmedizin und zur Medikamentenentwicklung. Dieses Simulierungstool ermöglicht einen systematischen Zugang, um die komplexen molekularen Prozesse der menschlichen Zelle zu verstehen und zu simulieren. Ideales Anwendungsgebiet ist die in silico-Erprobung des zu erwartenden Ansprechens auf Wirkstoffe.

Virtuelle klinische Versuche

ModCellTM ermöglicht Anwendungen für die pharmazeutische/biotechnologische Industrie zur Virtualisierung einer Bandbreite an Entwicklungsschritten.

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Die Technologie der Virtuellen klinischen Versuche findet Anwendung zum:

Ansprechen auf Wirkstoffe (einzeln und in Kombination) innerhalb großer Patientengruppen, zum Beispiel in klinischen Versuchen für die Zulassung eines Wirkstoffes oder zur Identifikation von Patientenkohorten (inkl. Biomarker) zur companion diagnostics.

Umwidmung (Repositionierung) von Wirkstoffen von anderen Indikationen zur Anwendung auf Krebs.

Neuversuch mit Medikamenten, die in Stage II/III klinischen Versuchen aufgrund von zu geringer Ansprechrate, aber nicht aufgrund ihrer Tolerierbarkreit verworfen wurden. Für diese Wirkstoffe können gezielte (ansprechende) Patientengruppen zur Zulassung ermittelt werden.

Um Virtuelle klinische Studien durchzuführen, verwenden wir eine Fülle an Daten wie die stetig wachsenden Datenmengen von großangelegten, internationalen Krebsprojekten (z.B. the International Cancer Genome Consortium, ICGC), Daten aus eigenen Projekten oder auch Daten, die vom jeweilgen Kunden zur Verfügung gestellt werden.

Mit unserem System der Virtuellen klinischen Versuche können wir Patienten identifizieren, die von einem neuen oder umgewidmeten Wirkstoff oder von Wirkstoffkombinationen profitieren würden; Information, die fortwährend verwendet werden kann, um Wirkstoffe in kleineren, effizienteren und zielgerichteten klinischen Versuchen zur Zulassung zu bringen.

Xenograftanalyse

Die Analyse von NGS-basierten Genom- und Transkriptom-Daten von Patient-derived xenografts (PDXs) stellt eine technische Herausforderung aufgrund des Vorhandenseins von murinem umgebendem Gewebe (Stroma, Endothelzellen, etc.) dar.

Der Anteil von menschlichen gegenüber murinen Sequenzierdaten kann von Probe zu Probe stark variieren, was sich potenziell auf die Empfindlichkeit und Spezifität der Analyse auswirkt. Alacris Theranostics hat geeignete Strategien entwickelt, um diese Probleme bei der Analyse von PDX zu umgehen, und hat einen In-silico-Workflow für die DNA- und RNA-Analyse von PDXs entwickelt, den wir erfolgreich bei NGS-Daten angewendet haben, die aus mehr als 200 PDXs (kolorektalem Krebs, Leukämie, Melanom) generiert wurden.

Mehr Informationen finden sie hier (in englisch).